در سازمان، موضوع بهداشت که شامل بهداشت عمومی (فردی) بهداشت محیط و بهداشت حرفه‌ای می‌شود حائز اهمیت است. بهداشت فردی به‌ سلامت مجموعه افراد مربوط می‌شود و بهداشت محیط پیرامون سازمان را در برمی گیرد و بهداشت حرفه‌ای نیز شامل یک سری آنالیزهای شغلی می‌شود.بهداشت کار یا مهندسی بهداشت در ساختار HSE شامل کلیه خدمات بهداشت محیط، بهداشت تغذیه کارکنان و بهداشت حرفه ای داخل محیط های کاری و صنعتی می باشد. مهندسی بهداشت همانند دیگر علوم برای ارائه خدمات خود به فراخور نیاز صنعت نیازمند بهره گیری از تخصص های مختلف از قبیل شیمی، آمار، اپیدمیولوژی، فیزیولوژی، سم شناسی، آناتومی، طب صنعتی، تغذیه، توانبخشی و … می باشد.

در هر سازمان، یک سری مخاطرات ایمنی وجود دارد که  عدم رفع آن مغایرت‌ها ممکن است منجر به حوادثی شود. درزمینهٔ ایمنی در سازمان، مسائل گسترده‌ای مطرح می‌شود که خود شامل چند دسته است. دسته اول مربوط به ایمنی در عملیات می‌باشد که خود شامل کار در ارتفاع، جوشکاری و برشکاری، ایمنی تجهیزات و ماشین‌آلات و… می‌باشد. دسته دوم مربوط به ایمنی در سازمان است که شامل ایمنی انبار، مدیریت حریق، محصورسازی، علائم هشداردهنده و … می‌باشد. و دسته سوم شامل ایمنی اشخاص در سازمان می باشدکه شامل حذف یا کاهش مخاطرات و استفاده از تجهیزات حفاظت فردی است.

محیط‌ زیست محیطی است شامل هوا، آب، خاک، منابع طبیعی، گیاهان، جانوران، انسان‌ها و روابط متقابل بین آن‌ها که سازمان در آن فعالیت می‌نماید. محیط می‌تواند از درون یک سازمان تا سیستم محلی، منطقه‌ای و جهانی گسترش یابد. لازم به ذکر است فعالیت‌های سازمان دارای جنبه‌های محیط زیستی می‌باشد و می‌تواند با محیط‌ زیست تأثیر متقابل داشته باشد که بسته به نوع منبع آلایندگی و نوع آلاینده متفاوت میباشد. کاربرد طراحی سیستم مدیریت ایمنی بهداشت و محیط زیست شامل: کاهش عواقب بلند مدت در زندگی کارکنان بواسطه کاهش صدمات جانی و نقص عضو، کاهش حوادث در محیط های کاری، افزایش در ارایه تولید و خدمات بیشتر، نگهداری منابع طبیعی برای نسل های آینده، کاهش بیماری ها و امراض از طریق حفظ محیط زیست خواهد بود.